A különböző nemzetiségek között kialakult törékeny egyensúly az 1990-es években felborult. Ezekben az években a konfliktusok és a politikai zűrzavar végül Jugoszlávia felbomlásához vezetett. Az ország helyzetét nagyon sok probléma nehezítette: külföldi adósság, infláció, munkanélküliség, erős nacionalista érzelmek és politikai problémák, melyek következtében megromlott a hangulat. Krízishelyzet alakult ki, az ország több független országra bomlott. Szlovénia és Horvátország szakadt el elsőként, de ennek az volt az ára, hogy  Szerbiával konfliktusba kerültek. 1992-re Boszniában is felerősödtek a konfliktusok, amely közben szintén kikiáltotta függetlenségét. Mivel Bosznia népességének majdnem 50%-a szerbekből és horvátokból állt (lásd az alábbi térképet) és mivel a függetlenséget leginkább a különböző nemzetiségek akarták és nem annyira az ország egésze, Bosznia hovatartozása vita tárgya lett és háború kirobbanásához vezetett.

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

 

 

 

 

 

A Boszniában élő szerbek Jugoszláviához akartak tartozni és egy nagy Szerbia létrehozásán munkálkodtak. Heves harcok dúltak a boszniai muszlimok, szerbek és horvátok között. A szerbek boszniai muszlimok ezreit mészárolták le - etnikai tisztogatást végeztek. ​A fővárost, Szarajevót, az ország 70%-át irányító boszniai szerb hadsereg vette ostrom alá. Az ENSZ békefenntartók jelenléte nem volt eredményes és az ostrom 1995-ig tartott, ekkor írták alá a békeegyezményt. 1995 decemberében Párizsban aláírták az Általános keretmegállapodást a békéért Bosznia-Hercegovinában, a daytoni szerződést. Ezzel véget ért a három és fél éven át tartó háború Boszniában. A háború az újonnan megalakult független államot, Bosznia-Hercegovinát és soknemzetiségű fővárosát, Szarajevót teljesen romba döntötte.