Subtelna równowaga pomiędzy różnymi grupami etnicznymi została przerwana w latach 90-tych. Trwające w tych latach konflikty i przewroty polityczne doprowadziły do rozpadu Jugosławii. Kraj borykał się z wieloma problemami: długiem zagranicznym, inflacją, bezrobociem, silnymi nastrojami nacjonalistycznymi i politycznymi problemami, które tworzyły niesprzyjającą atmosferę. Doprowadziło to w końcu do kryzysu, którego wynikiem był rozpadł kraju na kilka niezależnych państw. Słowenia i Chorwacja były pierwszymi państwami, które chciały się uniezależnić, ale mogły to uczynić wywołując konflikt z Serbią. W 1992 konflikt rozszerzył się aż do Bośni, która także zadeklarowała niepodległość. Struktura demograficzna Bośni składała się głównie z Serbów i Chorwatów, którzy stanowili prawie 50% populacji (spójrz na mapę poniżej). Ponieważ nastroje nacjonalistyczne dotyczyły głównie grup etnicznych, a nie narodowościowych – doprowadziło to do wojen w Jugosławii.

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

 

 

Serbowie którzy mieszkali w Bośni byli zdecydowani aby pozostać w Jugosławii i pomóc budować większą i silniejsza Serbię. Toczyły się dzikie, zacięte walki między Bośniackimi Muzułmanami, Serbami, Chorwatami. Serbowie zmasakrowali tysiące Bośniackich Muzułmanów, a także brali udział w czystkach etnicznych. Stolica, Sarajewo została oblężona i otoczona przez bośniacko-serbskie siły, które kontrolowały około 70% Bośni. Obecność sił pokojowych ONZ, która trwała aż do 1995 roku okazała się nieskuteczna. W grudniu 1995 roku w  Paryżu podpisano Ogólną Umowę Na Rzecz Pokoju w Bośni i Hercegowinie – nazwaną także porozumieniem w DAYTON. Porozumienie to zakończyło 3,5 letnią wojnę w Bośni. W jej wyniku powstało nowe niepodległe państwo Bośnia i Hercegowina, natomiast wieloetniczny charakter Sarajewa został całkowicie zniszczony.