Echilibrul fragil dintre diferitele grupuri etnice din Iugoslavia a fost deranjat în anii 1990. În această perioadă, o serie de conflicte şi revolte politice au condus la dezintegrarea Iugoslaviei. Numeroase probleme s-au abătut asupra ţării: datorii externe, inflaţie, şomaj, sentimente naţionaliste puternice şi probleme politice, care au generat o atmosferă apăsătoare. Acestea au rezultat într-o criză, ţara fragmentându-se în mai multe ţări independente. Slovenia şi Croaţia au fost primele care s-au desprins, însă cu preţul unui conflict cu Serbia. Până în 1992 s-a declanşat şi un conflict în Bosnia, care, la rândul ei, şi-a declarat independenţa. Întrucât structura demografică a Bosniei era alcătuită din sârbi şi croaţi, care constituiau aproape 50 % din totalul populaţiei (vezi harta), iar ideea independenţei era proprie etniilor, mai degrabă decât naţiunii ca întreg, mari părţi ale Bosniei au făcut obiectul unor dispute, conducând la Războaiele Iugoslave.

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

 

Sârbii care trăiau în Bosnia erau hotărâţi să rămână în Iugoslavia şi să contribuie la construirea unei Serbii mai puternice. Au existat lupte acerbe între bosniacii musulmani, sârbi şi croaţi. Sârbii au masacrat mii de bosniaci musulmani şi au întreprins acţiuni de epurare etnică. Capitala, Sarajevo, a fost înconjurată şi ocupată de forţele sârbilor bosniaci, care controlau aproximativ 70 % din Bosnia. Prezenţa trupelor ONU pentru menţinerea păcii nu a avut rezultatul scontat, acestea fiind menţinute aici până în 1995, când a fost semnat un tratat de pace. În decembrie 1995, Acordul-cadru general pentru pace în Bosnia şi Herţegovina – cunoscut şi drept Acordul de la Dayton – a fost semnat la Paris. Acest acord a pus capăt războiului din Bosnia, care durase trei ani şi jumătate. Războiul Bosniac a lăsat noua ţară independentă, Bosnia şi Herţegovina, şi capitala sa multietnică, Sarajevo, devastate.